นักโบราณคดีรวบรวมหลักฐานและวิเคราะห์กันไว้ว่า พระปฐมเจดีย์เป็นเจดีย์แห่งแรกในประเทศไทย สร้างตามคตินิยมสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช ผู้ส่งสมณทูตเข้ามาเผยแพร่พระพุทธศาสนาในย่านนี้ เมื่อครั้งที่เป็นอาณาจักรรุ่งเรืองนามว่า อาณาจักรทวารดี และ มีเมืองศรีวิชัย ซึ่งตั้งอยู่ในบริเวณที่เป็นจังหวัดนครปฐมปัจจุบันเป็นศูนย์กลางการติดต่อกับต่างประเทศ ซึ่งก็มีจีน อืนเดีย และชวา แต่ก็ไม่พบหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้งพระปฐมเจดีย์ ซึ่งมีชื่อเรียกกันมาแต่เดิมว่า พระประธม เป็นเจดีย์มีลักษณะคล้ายสถูปที่สาญจีในอินเดีย ต่อมาเมื่อแม่น้ำเปลี่ยนทาง ผู้คนจึงย้ายที่อยู่อาศัยตามไปอยู่ใกล้แม่น้ำ ในบริเวณที่เป็นตำบลนครไชยศรีในปัจจุบัน ทำให้บริเวณโดยรอบพระประธมกลายเป็นเมืองร้างมาหลายร้อยปี
พระปฐมเจดีย์มาปรากฏอยู่ในหน้าประวัติศาสตร์เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวขณะทรงผนวช ได้ธุดงค์ไปไปพบเข้า ทรงเห็นว่าเป็นเจดีย์ใหญ่กว่าทุกเจดีย์ในประเทศไทยหรือในประเทศใกล้เคียง จึงกราบทูลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวให้ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์ แต่รัชกาลที่ ๓ ตรัสว่า
เป็นของรกอยู่ในป่า จะปฏิสังขรณ์ขึ้นมาก็ไม่เกิดประโยชน์อันใดนัก
พระปฐมเจดีย์ถูกทอดทิ้งอยู่ในป่าต่อไปจนพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าขึ้นครองราชย์ จึงโปรดให้สร้างเจดีย์ทรงลังกาเป็นรูประฆังคว่ำ ครอบเจดีย์เดิมที่มีพุทธบัลลังก์รูปสี่เหลี่ยมอยู่ภายใน เป็นเจดีย์สูงถึง ๑๒๐ เมตร เส้นผ่าศูนย์กลางรอบฐานวัดได้ ๖๐ เมตร มียอดนพศูลสวมมหามงกุฎ ทั้งยังโปรดให้จำลองเจดีย์เก่าที่ถูกครอบขึ้นที่ทางทิศใต้ของพระปฐมเจดีย์ ให้ประชาชนได้เห็นองค์พระประธมดั้งเดิมที่ถูกครอบไว้ภายในด้วย
การเดินทางไปพระปฐมเจดีย์ตอนนั้นยังไม่สะดวก จึงโปรดให้ขุดคลองเจดีย์บูขาจากองค์พระมาเชื่อมกับคลองมหาสวัสด์ และทรงสร้างพระตำหนักประทับแรมไว้ด้วย
ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๕ ได้เริ่มก่อสร้างทางรถไฟสายใต้ผ่านมาใกล้องค์พระปฐมเจดีย์ ซึ่งขณะนั้นยังเป็นป่ารก มีผู้คนอาศัยอยู่เบาบาง ที่ทำการของรัฐบาลก็ต้องอาศัยอยู่ตามระเบียงและวิหารของพระปฐมเจดีย์ จึงโปรดฯให้ย้ายเมืองจากตำบลท่านา อำเภอนครชัยศรี กลับมาตั้งที่บริเวณองค์พระปฐมเจดีย์เหมือนเช่นครั้งสมัยโบราณ ตัดถนนหลายสาย สร้างตลาดและอาคารให้ผู้คนเข้ามาอยู่ เสด็จพระราชดำเนินไปเททองหล่อยอดพระปฐมเจดีย์ เมื่อวันที่ ๒๐ มกราคม ๒๔๑๑ อีกทั้งในปลายรัชกาลที่ ๕ กระเบื้องประดับองค์พระปฐมเจดีย์หลุดล่วงลงมาก จึงโปรดให้นำกระเบื้องเคลือบสีเหลืองส้มขึ้นหุ้มองค์พระปฐมเจดีย์ทั้งองค์ โดยใช้นักโทษจากมณฑลนครชัยศรีวันละ ๓๐-๔๐ คน แต่ยังไม่เสร็จในรัชกาล
ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๖ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดฯให้เคลือบต่อจนแล้วเสร็จ พร้อมพระราชทานชื่อถนนทั้ง ๔ ด้านขององค์พระปฐมเจดีย์เป็น ถนนหน้าพระ ถนนหลังพระ ถนนซ้ายพระ และถนนขวาพระ สร้างสะพานเจริญศรัทธา ข้ามคลองเจดีย์บูชาเชื่อมระหว่างสถานีรถไฟกับองค์พระปฐมเจดีย์ ตลอดจนสร้างพระร่วงโรจนฤทธิ์ทางด้านทิศเหนือขององค์พระปฐมเจดีย์ และบูรณะองค์พระปฐมเจดีย์ให้สมบูรณ์สวยงามดังที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน แล้วโปรดให้เปลี่ยนชื่อจากเมือง นครไชยศรี เป็น นครปฐม สร้างพระราชวังสนามจันทร์เป็นที่เสด็จแปรพระราชฐานและฝึกซ้อมรบเสือป่า
นครปฐมจึงเป็นศูนย์กลางของความเจริญขึ้นอีกครั้ง เหมือนที่เคยเป็นเมืองศรีวิชัยในสมัยดึกดำบรรพ์
22 ม.ค. 2564 โรม บุนนาค
