ในการปรุงยาสมุนไพรตามตำรับยาไทยนั้น ตำราจะจำแนกวัตถุออกเป็น 3 ประเภท คือ ยาสมุนไพรประเภทพืชวัตถุ ซึ่งจำแนกเป็นพืชยืนต้น เถา หัว ผัก หญ้า ประเภทสัตว์วัตถุ จำแนกเป็นพวกสัตว์บก สัตว์น้ำ สัตว์อากาศ และประเภทธาตุวัตถุ กลุ่มยาธาตุวัตถุนั้นมีความน่าพิศวงไม่น้อย บางตัวมีที่มาแบบคาดไม่ถึงว่าจะสามารถนำมาทำยาได้ เช่น ดินถนำส้วม ได้จากส้วมหลุมแบบเก่าที่ไม่ใช้แล้ว ดินถนำถ้ำ เอามาจากถ้ำ เกลือกระตังมูตร คือเกลือที่ได้จากน้ำปัสสาวะที่ทิ้งไว้จนเป็นตะกรันหรือเกาะกันเป็นก้อน
ธาตุวัตถุ คือแร่ธาตุที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ หรือประกอบขึ้นจากแร่ธาตุต่างๆ ที่สามารถนำมารักษาโรคได้ ธาตุวัตถุมีทั้งประเภทสลายตัวยาก คนโบราณใช้ธาตุประ เภทนี้ใส่ลงต้มในหม้อยาพร้อมกับตัวยาอื่นๆเช่น ชามเบญจรงค์ เหล็ก เงิน นาค เป็นต้น นอกจากนี้ยังมีกรรมวิธีนำธาตุวัตถุพวกนี้มาใช้อย่างปลอดภัยและเข้ายาได้
แม้จะได้ชื่อว่าเป็นตัวยาสลายไม่ได้ก็ตาม เช่น เหล็ก ก็ตะไบให้เป็นเศษเล็กๆ ใส่ฝาละมี บีบมะนาวลงไปเคี่ยวจนแห้ง และบีบน้ำมะนาวใส่ใหม่อีกครั้ง ทำทั้งหมด 7 ครั้ง จึงจะเอาเหล็กนั้นมาใช้ หรืออย่างเงิน ทอง นาค ก็ใช้ไฟหลอม และนำมาตีเป็นแผ่นบางๆ เช่น แผ่นทองคำเปลว นำมาใช้ในยาปั้นมหานิลแท่งทอง ส่วนจำพวกหินอ่อน ปะการัง บัลลังศิลา ใช้บดให้ละเอียดด้วยเครื่องบดก็จะได้ยาผง
ประเภทที่สองคือธาตุวัตถุที่สลายตัวง่าย ได้แก่ กำมะถันแดง กำมะถันเหลือง สารส้ม ดินประสิว น้ำตาล การบูร สารหนู จุนสี ดีเกลือ น้ำประสานทอง พิมเสน มหาหิงคุ์ เป็นต้น พวกนี้บดด้วยโกร่งบดยา ก็จะละเอียดเป็นผง แต่บางตัวมีความเป็นพิษสูง เช่น สารหนู ทุกวันนี้กระทรวงสาธารณสุขห้ามใช้ แต่พวกกำมะถันนำไปใช้เป็นยาภายนอกได้
ตัวยาจำพวกสารส้ม เกลือ มหาหิงคุ์ น้ำประ สานทอง จะนำไปสะตุ เพื่อฆ่าฤทธิ์และทำความสะอาดยาก่อนนำมาใช้
และกลุ่มธาตุวัตถุที่เตรียมสลายตัวของมันเอง เช่น ปูนแดง ปูนขาว ดินปลวก ดินเหนียว ดินสอพอง ดินขุยปู ดินรังหมาร่า ดินโป่ง เป็นต้น พวกนี้ใช้มือบีบหรือขยี้ก็เป็นผง หรือละลายในน้ำได้ง่าย
ธาตุวัตถุทั้งหลายจะพบว่าเป็นตัวยาส่วนหนึ่งในตำรับยาต่างๆ มากมายทุกคัมภีร์ แต่ละชนิดมีสรรพคุณแตกต่างกันไป หมอผู้ปรุงยาก็จะพิจารณาในการใช้ให้เหมาะสมกับโรคนั้นๆ และหลักการสำคัญจะมีวิธีการกำจัดฤทธิ์ยาเพื่อนำมาใช้ได้อย่างปลอดภัย ซึ่งเรียกว่าการประสะ สะตุ และฆ่าฤทธิ์ ธาตุวัตถุต่างๆ ที่เรานำมาใช้ทำยาแต่เป็นที่รู้จักน้อยมาก ได้แก่
จุนสี มีลักษณะเป็นสีเขียวคราม ที่เรามองเห็นจะเป็นสีน้ำเงินหรือฟ้าคราม แต่ตำรากล่าวว่ามีสีเขียวคราม ซึ่งเป็นที่มาของคำว่า "สุดหล้าฟ้าเขียว" ที่สงสัยกันว่าทำไมฟ้าเขียว จุนสี มีรสเปรี้ยว ฝาด สรรพคุณ กัดล้างเม็ดฝี กัดหัวหูด คุดทะราด ละลายน้ำอุ่น ใช้กัดฝ้าแผล ใช้แก้โรคฟัน ทำให้ฟันแน่นและทนดี
บัลลังศิลาหรือหินอ่อนจีน ต้องนำเข้ามาจากเมืองจีน ลักษณะสีขาวหรือเทา หรือแดงสลับกันไป สรรพคุณ เป็นยาเบื่อพยาธิฆ่าแม่พยาธิของเชื้อโรคมะเร็งและกุฏฐัง ใช้ฝุ่นที่บดละเอียดทาตัวเป็นยาห้ามเหงื่อเมื่อมีเหงื่อออกเยอะ
กำมะถันแดง เป็นยารสปร่า มีสรรพคุณ แก้ลมป่วง ล้างหัวฝี สมานท้อง แก้ประดง ใส่แผลเปื่อยลามแผลเรื้อรัง แก้โรคผิวหนังผื่นคันแก้กามโรค ฆ่าแม่พยาธิ หรือนำไปหุงเป็นน้ำมันทาแก้หิด รับประทานแก้จุกเสียดในโรคป่วง แก้ผื่นคัน แก้โรคผิวหนัง ผื่นคันได้ดีข้อควรระวังเมื่อใช้กำมะถัน เมื่อโดนน้ำจะกลายเป็นกรดกำมะถันกำมะถันแดง ใช้ภายนอกโดยมีกำมะถันแดงไม่เกินร้อยละ 5 ของปริมาณตัวยาทั้งหมด
รงทอง เป็นยาอันตรายชนิดหนึ่ง กระทรวงสาธารณสุขจำกัดปริมาณการใช้ ยกเว้นยาที่ผลิตขึ้นโดยมีรงทองสำหรับรับประทานในมื้อหนึ่งไม่เกิน 60 มิลลิกรัม มีสารพิษที่เป็นยาถ่ายอย่างแรง รสเอียนเบื่อมีสรรพคุณถ่ายลม ถ่ายน้ำเหลือง ถ่ายเสมหะและโลหิต ถ่ายโรคท้องมาน แก้โลหิตคั่งในสมอง บดผสมกะทิสดทาแผลพุพอง น้ำเหลืองเสีย แก้ปวดแผล แต่ในแพทย์แผนไทยก่อนนำมาใช้ต้องทำการสะตุเพื่อฆ่าฤทธิ์ก่อน
น้ำประสานทอง ลักษณะเป็นผลึกใสหรือเป็นผงขาว ไม่มีกลิ่น รสหวาน ก่อนปรุงยาจะต้องนำมาสะตุก่อน น้ำประสานทองสะตุ รสปร่าซ่า มีสรรพคุณแก้ละอองซาง กัดเม็ดยอดในปากคอ กัดเม็ดฝี ข้อดีของน้ำประสานทองช่วยทำให้ยาออกฤทธิ์เร็ว เป็นยาอีกตัวหนึ่งที่กระทรวงสาธารณสุขห้ามใช้ ยกเว้นยาที่ผลิตขึ้นโดยมีน้ำประสานทองสำหรับรับประทานในมื้อหนึ่งไม่เกิน 25 มิลลิกรัม
แต่ในปัจจุบันนี้กลับพบว่าตำรับยาสำคัญอย่างยาสามัญประจำบ้านที่ประกาศโดยกระ ทรวงสาธารณสุข ล่าสุดมี 27 ขนานนั้น ในบางตำรับมีการตัดตัวยาธาตุวัตถุออกหมด ด้วยเหตุผลที่อาจไม่ปลอดภัยกับผู้บริโภค สาเหตุอาจเนื่องมาจากการไม่ได้ระบุให้ชัดเจนว่าตัวยาธาตุวัตถุนั้นต้องใช้อย่างไร เช่น ระบุว่าน้ำประสานทอง แต่ไม่ได้บอกว่าน้ำประสานทองสะตุ ซึ่งหมอแผนไทยนั้นต้องนำไปสะตุก่อนใช้ ด้วยเหตุนี้หมอแผนไทยรุ่นใหม่ๆ อาจจะไม่ได้เรียนรู้จักวิธีการใช้ตัวยาธาตุวัตถุอย่างถูกต้อง และในที่สุดอาจหายไปจากตำรา ขาดการสืบทอด ธาตุวัตถุอาจกลายเป็นเพียงตำนานยาไทยเท่านั้น ถ้าเราไม่เรียนรู้ว่าใช้อย่างไหนปลอดภัย ใช้อย่างไหนเกิดอันตราย ความสมบูรณ์ของความเป็นแพทย์แผนไทยก็หายไป.
